Prowadzenie apteki wiąże się uzyskiwaniem specyficznych dla tej działalności przychodów gospodarczych. Oprócz przychodów osiąganych ze sprzedaży leków mamy tu do czynienia z przychodem, jakim jest otrzymana z NFZ refundacja.
Odwiecznym problemem w wypadku prowadzenia apteki jest prawidłowe określenie chwili powstania przychodu. Już w 1999 roku Ministerstwo Finansów wydało postanowienie w tej sprawie, gdzie na podstawie art. 14 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych za przychód z działalności uważa się kwoty należne, choćby nie zostały faktycznie otrzymane, po wyłączeniu wartości zwróconych produktów, udzielonych bonifikat i skont. Dodatkowo u płatników dokonujących sprzedaży produktów i usług opodatkowanych podatkiem od produktów i usług za przychód z tej działalności uważa się przychód zmniejszony o podatek należny od produktów i usług. W związku z czym za datę powstania przychodu traktuje się tu dzień wydania produktu, zbycia prawa majątkowego czy wykonania usługi.
Do przychodów zgodnie z art.14 ust. 2 pkt. 2 zalicza się też dopłaty i inne darmowe świadczenia otrzymane na pokrycie kosztów lub jako zwrot wydatków, zaliczanych do przychodu w czasie ich faktycznego otrzymania. Zatem przychodem apteki jest obrót wygenerowany ze sprzedaży leków i artykułów medycznych pomniejszony o refundowaną należność. Refundacja zostaje potraktowana jako przychód dopiero w czasie jej otrzymania, czyli np. przelania jej przez NFZ na konto firmy.
Kasy rejestrowe wykorzystywane w aptece umożliwiają wyszczególnienie, który lek i w jakiej części jest refundowany, a oprogramowanie komputerowe umożliwia sporządzenie dziennych i miesięcznych zestawień bonifikat, na podstawie których sporządzany jest potem wydruk dla NFZ. Sprzedaż towarów refundowanych skutkuje wykazaniem na paragonie fiskalnym nie tylko wartości kwoty, którą nabywca powinien uiścić, bonifikaty (części refundowanej) oraz kwoty, którą faktycznie zapłacono. Dlatego prawidłowym działaniem jest pomniejszanie przychodu o kwotę refundowanej należności.
W przypadku podatku VAT chwila powstania obowiązku podatkowego następuje w momencie wydania towaru lub wykonania usługi (art. 19 ust.1 ustawy o VAT). Jednak w sytuacji refundacji zastosowanie ma art. 19 ust. 21 traktujący, iż obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje w momencie uznania rachunku bankowego płatnika. Dlatego zasadne jest zmniejszenie całkowitej wartości obrotu o kwotę należnej aczkolwiek nieotrzymanej jeszcze refundacji, która stanie się przychodem dopiero w chwili jej otrzymania przez płatnika.
Rozliczając refundację trzeba zastosować stawkę obowiązującą dla refundowanych leków, które są przedmiotem obrotu apteki. Warto pamiętać, aby wystawiać na nią fakturę wewnętrzną.